日本全国の傾向としてはイルカの肉を食べることには積極的ではない。それどころかイルカの肉が食用として売られていること自体知らない日本人も多い。食用として敬遠されているのは、平和的な動物であるという認識が広まりつつあること以外に、もともとイルカの肉はクジラの肉と違って固くて調理がしづらく味が苦いのと、酸化が早くて管理が難しく、なおかつ血管の走り方が独特なため寄生虫の心配が多いからというのが主たる理由のようである。
しかし近年になってクジラの捕獲量に制限が加えられ、流通に支障が出てくるようになると、クジラの肉と称してイルカの肉が食用市場に出回るケースもあるようである（歯クジラでも、大きさによりクジラと分類されるゴンドウクジラなどの肉は、元々クジラとして流通していた）。イルカの漁獲量は一般の漁業と異なり、重量ではなく頭数管理とされており、漁獲したイルカについては全てDNA登録を義務付けられている。
なお日本の厚生労働省は、2005年8月、イルカやクジラ類の肉には、マグロなどの魚介類よりも遙かに高濃度のメチル水銀などの人体に有害な有機水銀類が、大量に濃縮されている可能性があるとして、主に妊娠時の女性に対して摂取を控えるように警告した。具体的にはバンドウイルカは１回約80gとして妊婦は２ヶ月に１回までに食することを控えるように注意している。
